研究所实行理事会领导下的所长负责制。根据科研、管理和支撑的特点和需求划分了管理系统、研发系统、支撑系统，并下设了相应的处、室，同时设立所学术委员会、战略咨询委员会等咨询机构。

　　1、　 管理系统

　　综合办公室、人事教育处、科技处、资产财务处。

　　2、　 研发系统

　　根据优先发展领域和重点发展方向的部署，分别设置了3个研究发展部，它们是研究所组织学术、研究活动的基本单元。每个研究发展部又根据学科领域自身发展的需要，由若干个实验室及研究团队组成。

　　3、　 支撑系统

　　根据实际需要构建3个开放（公共）技术共享平台：

　　海岸带野外观测平台

　　分析测试技术平台

　　海岸带信息与e-Science技术平台

　　构建2个发展支持中心

　　海岸带技术转移中心、发展战略研究中心